Ostateczne naznaczenie stygmatami

Od wiosny 1918 roku Ojciec Pio nigdy nie opuszczał San Giovanni Rotondo.
W miesiącach letnich tego roku Ojciec Pio doświadczał nadzwyczajnych zjawisk, którebyły jakby kontynuacją wcześniejszych, zwłaszcza ran na dłoniach, które objawiły się przed ośmiu laty, miesiąc po święceniach kapłańskich, i które po gorącej modlitwie do Boga wprawdzie znikł", ale nie przestały sprawiać mu bólu, zwłaszcza w określonych dniach. W pierwszych dniach sierpnia serce Ojca Pio przeszył dosłownie miecz, co określa się jako zjawisko przebicia ("przewiercenia").

W następnym miesiącu, 20 września, kiedy po odprawieniu Mszy św. w samotności modlił się na chórze, ukazała mu się tajemnicza postać i w tym momencie poczuł, że całe jego ciało przeszył straszliwy ból.
Był to moment ostatecznego naznaczenia stygmatami: otrzymał rany na dłoniach, na stopach i w boku, jak u Jezusa Chrystusa.
Był to mistyczny dar, który stał się jakby przypieczętowaniem jego wielkiej duchowości, ale również wielkiego cierpienia, którego powodem była ciągle sącząca się krew, tworząca nie gojące się strupy na zewnętrznej i wewnętrznej stronie dłoni, nad i pod stopami, a w boku widniała cięta poprzeczna rana.